任何一種合格的有機肥料的生產(chǎn)都須經(jīng)過堆肥發(fā)酵過程。堆肥是在一定條件下通過微生物的作用，使有機物不斷被降解和穩(wěn)定，并產(chǎn)出一種適宜于土地利用的產(chǎn)品的過程。
堆肥這種古老而簡便的處理有機廢棄物和制造肥料的方法，隨著研究的深入和方法的改進，其應用很受各個國家的重視，因為它有生態(tài)意義，也為農(nóng)業(yè)生產(chǎn)帶來效益。有許多報道指出，用腐熟堆肥制備種子苗床能抑制土傳病害。
并且在堆肥過程的高溫階段過后接踵而來的拮抗性細菌，可使菌數(shù)達到高的水平；堆肥過程中各有機物在微生物作用下，達到不易分解、穩(wěn)定、作物易吸收狀態(tài)；同時微生物作用在一定范圍內(nèi)減少重金屬毒害作用。
可見，堆肥是制造生物有機肥的簡便而出效果的方法，有益于生態(tài)農(nóng)業(yè)的發(fā)展。堆肥為什么產(chǎn)生這樣的效果呢？下面我們對堆肥原理進行比較詳盡的介紹。
堆肥發(fā)酵技術(shù)原理：
（一）堆肥過程中有機質(zhì)的轉(zhuǎn)化堆肥中的有機質(zhì)在微生物作用下進行復雜的轉(zhuǎn)化這種轉(zhuǎn)化可歸納為兩個過程：一個是有機質(zhì)的礦質(zhì)化過程，即把復雜的有機質(zhì)分解成為簡單的物質(zhì)，最后生成二氧化碳、水和礦物質(zhì)養(yǎng)分等；另一個是有機質(zhì)的腐殖化過程，即有機質(zhì)經(jīng)分解再合成，生成復雜的特殊有機質(zhì)-腐殖質(zhì)。兩個過程是同時進行的，但方向相反，在不同條件下，各自進行的強度有差別。
1.有機質(zhì)的礦化作用
⑴不含氮有機物的分解多糖化合物（淀粉、纖維素、半纖維素）首先在微生物分泌的水解酶的作用下，水解成單糖。葡萄糖在通氣良好的條件下分解，酒精、醋酸、草酸等中間產(chǎn)物不易積累，最終形成CO2和H2O，同時放出大量熱能。如果通氣不良，在嫌氣微生物作用下，單糖分解緩慢，產(chǎn)生熱量少，并積累一些中間產(chǎn)物-有機酸。在極嫌氣微生物條件下，還會生成CH4、H2等還原態(tài)物質(zhì)。
⑵含氮有機物的分解 堆肥中的含氮有機物包括蛋白質(zhì)、氨基酸、生物堿、腐殖質(zhì)等。除腐殖質(zhì)外，大部分容易被分解。例如蛋白質(zhì)，在微生物分泌的蛋白酶作用下，逐級降解，產(chǎn)生各種氨基酸，再經(jīng)氨化作用、硝化作用而分別形成銨鹽、硝酸鹽，可以被植物吸收利用。
⑶含磷有機物的轉(zhuǎn)化堆肥中的含磷有機化合物，在多種腐生性微生物的作用下，形成磷酸，成為植物能夠吸收利用的養(yǎng)分。
⑷含硫有機物的轉(zhuǎn)化 堆肥中含硫有機物，經(jīng)微生物的作用生成硫化氫。硫化氫在嫌氣環(huán)境中易積累，對植物和微生物會發(fā)生毒害。但在通氣良好的條件下，硫化氫在硫細菌的作用下氧化成硫酸，并和堆肥中的鹽基作用形成硫酸鹽，不僅消除了硫化氫的毒害，并成為植物能吸收的硫素養(yǎng)料。在通氣不良的情況下，發(fā)生反硫化作用，使硫酸轉(zhuǎn)變?yōu)镠2S散失，并對植物產(chǎn)生毒害。堆肥發(fā)酵過程中，可以通過定時翻倒措施改善堆肥的通氣性，就能消除反硫化作用。
⑸脂類及芳香類有機物的轉(zhuǎn)化單寧、樹脂等結(jié)構(gòu)復雜，分解較慢，其最終產(chǎn)物也是CO2和水；木質(zhì)素是含植物性原料（如樹皮、木屑等）堆肥特別穩(wěn)定的有機化合物，它結(jié)構(gòu)復雜，含芳香核，并以多聚形式存在于植物組織中，難分解。在通氣良好的條件下，主要通過真菌、放線菌的作用，緩慢地進行分解，其芳香核可變?yōu)轷突衔?，它是再合成腐殖質(zhì)的原料之一。當然，這些物質(zhì)在一定條件下，還會繼續(xù)被分解的。
綜上所述，堆肥有機質(zhì)的礦質(zhì)化，可為作物和微生物提供養(yǎng)分，為微生物活動提供能源，并為堆肥有機質(zhì)的腐殖化準備基本原料。堆肥以好氣性微生物活動為主時，有機質(zhì)迅速礦化生成較多的二氧化碳、水及其它養(yǎng)分物質(zhì)，并放出大量熱能；以嫌氣性微生物活動為主時，有機質(zhì)的分解速度慢，且往往不徹底，釋放熱能少，其分解產(chǎn)物除植物養(yǎng)分外，尚易積累有機酸及 CH4、H2S、PH3、H2 等還原性物質(zhì)，當其達到一定程度時，則對作物生長不利甚至有害。因此堆肥發(fā)酵期間的翻倒也是為了轉(zhuǎn)換微生物活動類型，以消除有害物質(zhì)。
2、有機質(zhì)的腐殖化過程關(guān)于腐殖質(zhì)的形成過程有很多種說法，概括起來大體可分為兩個階段：
第一階段，有機殘體分解形成組成腐殖質(zhì)分子的原始材料，如多元酚、含氮有機物（氨基酸、肽等）等；
第二階段，先由微生物分泌的多酚氧化酶將多酚氧化成醌，然后醌與氨基酸或肽縮合而成腐殖質(zhì)單體。由于酚、醌、氨基酸種類很多，相互縮合的方式也不盡相同，因而形成的腐殖質(zhì)單體也就多種多樣。在不同條件下，這些單體又進一步縮合形成大小不等的分子。
（二）堆肥過程中重金屬的的轉(zhuǎn)化城市污泥中含有豐富的作物生長所需的各種養(yǎng)分及有機質(zhì)，是堆肥發(fā)酵原材料之一。但城市污泥中往往含有重金屬，這些重金屬一般指汞、鉻、鎘、鉛、砷等。
微生物特別是細菌、真菌在重金屬的生物轉(zhuǎn)化中起重要作用。雖然有些微生物可以改變重金屬在環(huán)境中的存在狀態(tài)，使化學物毒性增強而引起嚴重的環(huán)境問題或濃縮重金屬，并通過食物鏈積累。但也有些微生物可以通過直接和間接的作用去除環(huán)境中重金屬，有助于改善環(huán)境。
如最早受到關(guān)注的造成環(huán)境污染的重金屬-汞，微生物轉(zhuǎn)化汞包括3方面，無機汞（Hg2+）的甲基化、無機汞（Hg2+）還原成Hg0，甲基汞和其他有機汞化合物的裂解并還原成Hg0。這些能將無機汞和有機汞轉(zhuǎn)化為單質(zhì)汞的微生物稱為抗汞微生物。微生物雖然不能降解重金屬，但通過對重金屬的轉(zhuǎn)化作用，控制其轉(zhuǎn)化途徑，可以達到減輕毒性的作用。
（三）堆肥發(fā)酵工藝堆肥實際就是廢棄物穩(wěn)定化的一種形式，但它需要特殊的濕度、通氣條件和微生物以產(chǎn)生適宜的溫度。一般認為這個溫度要高于45℃，保持這種高溫可以使病原菌失活，并殺死雜草種子。在合理堆肥后殘留的有機物分解率較低、相對穩(wěn)定并易于被植物吸收，堆肥后臭味可以大大降低，堆肥過程有許多不同種類的微生物參與。
由于原料和條件的變化，各種微生物的數(shù)量也在不斷發(fā)生變化，所以堆肥過程中沒有任何微生物始終占據(jù)主導地位。每一個環(huán)境都有其微生物菌群，微生物的多樣性使得堆肥在外部條件出現(xiàn)變化的情況下仍可避免系統(tǒng)崩潰。 堆肥過程主要靠微生物的作用進行，微生物是堆肥發(fā)酵的主體。
參與堆肥發(fā)酵的微生物有兩個來源：
一是有機廢棄物里面原有的大量微生物；另一是人工加入的微生物接種劑。這些菌種在一定條件下對某些有機廢物具有較強的分解能力，具有活性強、繁殖快、分解有機物迅速等特點，能加速堆肥反應的進程，縮短堆肥反應的時間。
堆肥一般分為好氧堆肥和厭氧堆肥兩種。好氧堆肥是在有氧情況下的有機物料分解過程，其代謝產(chǎn)物主要是二氧化碳、水和熱；厭氧堆肥是在無氧條件下有機物料的分解過程，厭氧分解最后的代謝產(chǎn)物是甲烷、二氧化碳和許多低分子量的中間產(chǎn)物，如有機酸等。
參與堆肥過程的主要微生物種類是細菌、真菌以及放線菌。這3種微生物都有中溫菌和高溫菌。堆肥過程中微生物的種群隨溫度的變化發(fā)生如下的交替變化：低、中溫菌群為主轉(zhuǎn)變?yōu)橹懈邷鼐簽橹?，中高溫菌群為主轉(zhuǎn)化為中低溫菌群。隨著堆肥時間的延長，細菌逐漸減少，放線菌逐漸增多，霉菌和酵母菌在堆肥的末期減少。
有機堆肥的發(fā)酵過程簡單可分為以下4各階段：
⑴發(fā)熱階段 堆肥制作初期，堆肥中的微生物以中溫、好氣性的種類為主，常見的是無芽孢細菌、芽孢細菌和霉菌。它們啟動堆肥的發(fā)酵過程，在好氣性條件下旺盛分解易分解有機物質(zhì)（如簡單糖類、淀粉、蛋白質(zhì)等），產(chǎn)生大量的熱，不斷提高堆肥溫度，從20℃左右上升至40℃，稱為發(fā)熱階段，或中溫階段。
⑵高溫階段 隨著溫度的提高，好熱性的微生物逐漸取代中溫性的種類而起主導作用，溫度持續(xù)上升，一般在幾天之內(nèi)即達50℃以上，進入高溫階段。在高溫階段，好熱放線菌和好熱真菌成為主要種類。它們對堆肥中復雜的有機物質(zhì)（如纖維素、半纖維素、果膠物質(zhì)等）進行分解，熱量積累，堆肥溫度上升至60℃，這對加快堆肥的腐熟有重要的作用。堆肥不當?shù)亩逊?，只有短的高溫期，或者根本達不到高溫，因而腐熟很慢，在半年或者更長時期內(nèi)還達不到半腐熟狀態(tài)。
⑶降溫階段 當高溫階段持續(xù)一定時間后，纖維素、半纖維素、果膠物質(zhì)大部分已被分解，剩下很難分解的復雜成分（如木質(zhì)素）和新形成的腐殖質(zhì)，微生物的活動減弱，溫度逐漸下降。當溫度下降到 40℃以下時，中溫性微生物又成為優(yōu)勢種類如果降溫階段來的早，表明堆制條件不夠理想， 植物性物質(zhì)分解不充分。這時可以翻堆，將堆積材料拌勻，使之產(chǎn)生第二次發(fā)熱、升溫，以促進堆肥的腐熟。
⑷腐熟保肥階段 堆肥腐熟后，體積縮小，堆溫下降至稍高于氣溫，這時應將堆肥壓緊，造成厭氣狀態(tài)，使有機質(zhì)礦化作用減弱，以利于保肥。簡而言之，有機堆肥的發(fā)酵過程實際上就是各種微生物新陳代謝、 繁殖的過程。微生物的新陳代謝過程即有機物分解的過程。有機物分解會產(chǎn)生能量，這些能量推動了堆肥化進程，使溫度升高，同時還可干燥濕基質(zhì)。